內政部指出，按土地登記規則第７９條第１項規定，申請建物所有權第一次登記，應提出使用執照或依法得免發使用執照之證件等文件，其中「依法得免發使用執照之證件」係指依建築法第９８條及第９９條第１項規定，得免適用建築法全部或一部之建物，如其係得免發使用執照者，應提出主管建築機關核發之證件。
又依農業發展條例第８條之１第２項、申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法第３２條第１項及第３３條第２項規定，有固定基礎之農業設施取得同意容許使用後，除符合一定面積及層數者，得免申請建築執照外，原則應申請建築執照，地方政府主管機關應對取得容許使用之農業設施及其坐落農業用地造冊列管，並抽查是否依核定計畫使用；嗣為簡政便民，行政院農業委員會１０３年１２月３０日農企字第１０３００１２９４２號函釋，農業設施得免申請建築執照之審認事宜。
為促進農業用地上與農業經營不可分離之有固定設施之農業設施設置之合理化，就興建使用農業設施之行為予以規範，地方政府主管機關核發之「農業用地作農業設施容許使用同意書」僅係得於農業用地上興建使用農業設施之許可文件，與申請建物所有權第一次登記應附主管建築機關核發之合法建物證明，兩者用途及目的尚屬有別。參照內政部１１２年７月１３日台內地字第１１２０２６４４３９號函釋，有固定基礎之農業設施，雖領有「農業用地作農業設施容許使用同意書」，仍應檢附使用執照或免發使用執照之證件。