過去常有宗教團體在購置或受贈不動產時，因無法登記在宗教團體名下，而依辦理寺廟登記須知第５點第１項第１１款及土地登記規則第１０４條第１項等規定以代表人名義申請登記，隨著時間推移，登記名義人過世後，發生繼承人與宗教團體間產權歸屬糾紛。為解決這類問題，三讀條文明定暫行條例施行後兩年內，宗教團體可以提出不動產登記名義人同意書、取得不動產相關證明文件等應備文件，向地方民政主管機關申請權利歸屬審認。
內政部指出，相關文件經公告無異議後，地方民政主管機關會囑託地政機關辦理不動產更名登記予宗教團體，或辦理限制登記並註明權利歸屬的宗教團體名稱，藉此達到登記名義人不能任意移轉不動產的法律效果。如果宗教團體與不動產登記名義人之間有產權爭議，可向主管機關提出異議以及向法院提起訴訟，由司法來確定不動產權利歸屬，主管機關不會在沒有登記名義人同意書或有異議的情形下，直接以行政作為將土地過戶給宗教團體。
內政部說明，暫行條例並未免除宗教團體納稅義務或放寬宗教團體能夠持有的土地類型，如原住民保留地，依原住民保留地開發管理辦法第１８條第１項等規定，不能讓不具原住民身分者持有，就不適用暫行條例的規定。此外，宗教團體若是寺廟籌備處、不動產尚未繳納移轉稅賦或為耕地的情形，也只是在本條例施行的十年期間內凍結登記名義人處分不動產權利，讓宗教團體適法處理借名登記的不動產，並未衝擊政府稅收或違反農地農用政策。